お相手は家庭もあるとのこと、お付き合いはお断りなさって正解です。好意を寄せられるのは悪いことではないですが、働く環境が悪くなるような告白は避けてほしかったですね。 ですが、あなたが会社を辞める必要はまったくありません。むしろ続けるべきです。ただ、その場合の対応が悩ましいところですよね。なかなかあきらめてくれなかったり、いやがらせをされたりした場合、あなたが勇気を出してはっきり意思表示できればいいですが、部下という立場では難しいかもしれません。
もし引きずるようであれば、一人で抱え込まないことです。あなたの会社にはコンプライアンスやハラスメントの相談窓口はありますか？会社（事業主）は、男女問わず、働く人がハラスメントなどで悩むことがないように防止対策をとることが義務付けられています。もし、そのような窓口がなくても、信頼できる同僚や上司に相談してみてください。何ごとも早い方がよいですよ。事態が改善しないようであれば、弁護士への相談もおすすめします。